고등학생 공학아카데미는 도내 일반계고등학생을 대상으로 실시하는 공학탐구 프로그램으로 다음의 절차에 따라 운영된다. ▲공과대학 각 과별로 고등학생이 탐구 가능한 공학 관련 프로그램 선정 ▲교육청에서 학교에 행사 안내 및 참가 팀 모집 ▲학생들은 팀구성 및 적성과 진로희망을 고려한 프로그램 선택 신청 ▲교육청에서 학생의 진로희망, 학교 추천 순위, 자기소개서 등을 심사하여 프로그램 별 대상 팀 선발 ▲4일간 공과대학 실험실에서 팀별 탐구활동 수행 후 탐구보고서 작성·발표 ▲학생들이 작성한 결과물을 모아 논총 제작 및 학생 제공했다. 올해는 건축공학 등 11개 학과에서 ‘Auto Cad를 활용한 설계기술’, ‘방사선 계측과 의료 방사선 디지털 영상’ 등 15개 공학탐구 프로그램을 운영하고, 여고생을 대상으로 WISET제주지역센터에서 운영하던 공학연구캠프도 같이 편성되어 운영한다.