행정안전부가 사학의 교육용 토지는 분리과세하고 수익용 토지에 대해 종합부동산세(종부세)를 매기는 방안을 추진하자 사학법인들이 반발하고 나섰다.

이들은 "시행령 개정으로 세금 부담이 늘어나면 등록금 인상이 불가피하다"며 배수진까지 쳤다.

한국사학법인연합회와 한국사립초중고등학교법인연합회, 한국전문대학법인협회의, 한국대학법인협의회등 4개 사학법인 단체는 9일 이 같은 내용의 성명을 발표했다.

▲ 한국사학법인연합회(회장 유재원) 등 사학단체 회장단은 지난 9일 긴급 간담회를 개최하여 "사립학교 지방세법 시행령 개정 즉각 철회"를 요구했다.

행안부는 지난달 29일 지방세법 시행령 일부개정안을 입법예고했다.

개정안에는 사학법인이 1996년 이전부터 소유한 토지에 대한 감면 조항을 삭제하고 교육용 토지에 대한 분리과세 조항을 신설한다는 내용이 담겼다. 분리과세 대상이던 수익용 토지는 종합합산과세(별도합산과세) 방식으로 조정하기로 했다. 종합합산과세 대상이 되면 종부세를 내야 한다.

행안부는 상반기에 올 연말 사립대 재산세 감면 조항 일몰을 검토했으나, 교육부 등 관계부처와의 협의 끝에 감면 특례를 유지하기로 결정한 바 있다.

그러나 이번 시행령 개정으로 수익용 기본재산에 대한 분리과세를 폐지하고 교육용 토지에 분리과세를 하도록 추진하면서, 2022년부터 사학법인의 세금 부담이 늘어날 가능성은 여전한 것으로 나타났다.

행안부는 시행령을 개정하는 이유로 '과세 형평성'을 들고 있다. 정당이나 사회복지시설, 종교시설 등 다른 비영리법인의 경우 과세방식이 이미 지난해 변경됐기 때문에 사학법인만 논외로 둘 수 없다는 판단이다.

교육부도 이 조치로 인해 사학의 법인전입금이나 사학연금·건강보험 등 법정부담금도 위축될 수 있다고 보고 우려를 표했다.

교육부 관계자는 "행안부 산출 결과 토지가 가장 많은 사학법인 상위 22곳의 과세방식을 바꾸더라도 추가 부담할 세금이 100억원이 채 되지 않는다는 입장"이라면서도 "등록금 인상, 전입금 감소 등으로 인해 교육 여건이 열악해질 가능성을 예의주시하고 있다"고 말했다.

행안부는 입법예고 기간인 12월 8일까지 관계기관의 의견을 수렴한다. 이후 법제처 심사, 국무회의 등 절차를 거쳐 공포 예정이다.